5 января начинаются бои подо Ржевом, которые продлятся три с половиной месяца и останутся в памяти как русских, так и немцев как самая страшная битва Великой Отечественной войны. Территория Подмосковья полностью очищена от захватчиков. Операция «Охота на дроф» приводит к разгрому советского Крымского фронта 11-ой немецкой армией и захвату Керченского полуострова немцами. Харьковская операция завершается для Красной армии катастрофой: немецкие войска прорывают фронт и устремляются в сторону Кавказа и Сталинграда. Они занимают Севастополь, а позже выходят к Волге севернее Сталинграда. Начинается оборона Сталинграда. В СССР учреждены Ордена Отечественной войны 1-й и 2-й степеней и медаль «За оборону Ленинграда».
Преподаватели и студенты нашего института были и в числе участников героической битвы за Москву. Особую роль сыграл военный факультет ГЦОЛИФК, который всю войну оставался в Москве. Он влился в состав оборонительного укрепрайона Московского военного округа, участвовал в строительстве оборонительного рубежа в районе Красной Пресни и принимал непосредственное участие в боевых действиях на подступах к Москве. Начальник военного факультета, полковник Константин Макаров, погиб в 1943 году. При разгроме фашистов под Москвой пали смертью храбрых преподаватель кафедры военной подготовки Иван Андреевич Князев, преподаватель рукопашного боя Григорий Пыльнов, а также студенты и выпускники ГЦОЛИФК.
После переезда в Свердловск коллектив ГЦОЛИФК на общественных началах сразу же включился в работу на военно-учебных пунктах Всевобуча, где обучали штыковому бою, метанию гранат, стрельбе в цель, ползанию и преодолению полосы препятствий, ходьбе на лыжах и многому другому.
Подготовка лыжников имела огромное значение. На пунктах Всевобуча в Свердловске и в отдельных воинских частях с помощью инструкторов ГЦОЛИФК было подготовлено более 9 тысяч лыжников. Их учили передвигаться на лыжах по равнине и по пересеченной местности, метать гранаты и даже ползать на лыжах. Всевобуч организовывал и соревнования. В 1942 году в соревнованиях по кроссу поучаствовали более 5 миллионов человек, а по лыжному кроссу – 5 миллионов 800 человек. Институт помогал свердловской лыжной фабрике в выпуске лыжного инвентаря и всем коллективом участвовал в строительстве водопровода.
Для восстановления здоровья раненных бойцов и командиров в годы Великой Отечественной войны огромное значение имела лечебная физическая культура. В качестве методистов из всех физкультурных учреждений были мобилизованы врачи и преподаватели, но их недоставало. Тогда Всесоюзный комитет по физической культуре и спорту создал специальную инспекторскую группу под руководством профессора Саркизова-Серазини для организации курсов по подготовке методистов и оказания помощи госпиталям. На эту работу были призваны и многие преподаватели ГЦОЛИФК, которые зарекомендовали себя квалифицированными специалистами. Преподаватели и студенты института помогли многим тысячам солдат и офицеров восстановить здоровье и вернуться в строй.
К концу зимы и весной 1942 года начались выходы отрядов ОМСБОН в тыл врага. Для сбора разведывательной информации, срыва военных перевозок, выведения из строя линии связи и железнодорожных магистралей в треугольник Смоленск – Орша – Витебск отправлен сводный отряд ОМСБОН под командованием Петра Алексеевича Коровина. Две недели передвигались только ночью, костров не разводили. При этом каждый солдат нес и тянул за собой по 50 кг снаряжения: оружие, заряды, медикаменты, продукты, взрывчатку, батареи для раций. Когда они, измученные, пришли на место, оказалось, что лес, где должен расположиться лагерь, полностью затоплен ледяной водой.
Несмотря ни на что, отряды под командованием Коровина задание выполнили – движение по железным дорогам было парализовано 15-20 суток, а на некоторых участках и на 50. 6 июня 1942 года Центр приказал возвращаться. В подразделении Коровина остались четыре отряда: отряды Артамонова, Балашова, Матросова и Шевченко, но вернуться удалось только одному отряду Артамонова. Остальные три недели по ночам пробирались к линии фронта и при попытке пробиться были окружены плотным кольцом немцев. Бой длился шесть часов, бойцы ОМСБОН погибли всего в семистах метрах от передовой. Среди них было и 13 студентов ГЦОЛИФК.