1937 год - время массовых репрессий. Расстреляны обвиняемые по «делу Тухачевского», а после выхода Приказа НКВД № 00447 «Об операции по репрессированию бывших кулаков, уголовников и других антисоветских элементов» начинается собственно Большой террор. По приговору особой тройки расстрелян иерей Владимир Амбарцумов, впоследствии причисленный к лику святых, и крупнейший русский религиозный философ и учёный, священник Павел Флоренский. Мрачная тень репрессий падает и на ГЦОЛИФК.

С одной стороны, для ГЦОЛИФК это год «прорывов». Во-первых, после выхода постановлений Совнаркома «Об ученых степенях и званиях», «О введении штатных должностей и должностных окладов для профессорско-преподавательского состава в вузах» формируется постоянный состав профессоров и преподавателей и создаются условия для «притока кадров». Во-вторых, студент института Ковтун ставит «громкий» рекорд в прыжках в высоту с разбега, преодолев планку на высоте 2 метра 1 см – этот рекорд держался 18 лет! В-третьих, с 1937 года институт становится непременным участником Всесоюзных физкультурных парадов на Красной площади Москвы.

С другой стороны, 1937-1938 годы – пора массовых репрессий в ГЦОЛИФК. Институт потерял многих руководителей, преподавателей и заведующих кафедрами. За «связь с врагами народа» репрессиям подверглись и два ректора – Альберт Зикмунд и Семен Фрумин, лишь три года назад удостоенный Ордена Красной Звезды. Многие из участников Спартакиады высшего комсостава РККА 1933 года были арестованы по обвинению в «ослаблении мощи Красной армии».

Арестован и погибает в заключении один из основателей главной советской борьбы самбо мастер боевых искусств и разведчик Василий Ошепков.

Преподавателей ГЦОЛИФК обвиняли также в стремлении опорочить партию и в искажении линии партии в подготовке физкультурных кадров. Многие из них не вернулись из лагерей и были реабилитированы посмертно.